Fairy Tail- O primeiro arco, que começa com o primeiro capítulo, se prolonga até uma missão de resgate do membro da guilda Macau, e se encerra com uma missão de destruir um livro. Neste arco temos revelada apenas o passado de Natsu, mas são introduzidos alguns dos personagens secundários, como Elfman, Loke, Cana e Mirajane.
Shinigami- Começa com a volta de Erza a guilda, depois de concluir com sucesso uma missão envolvendo a elminação de um demônio. Ela recruta Gray e Natsu (e portanto, Happy também) para uma missão de dificuldade extrema. Lucy vai junto a pedido de Mirajane. Os cinco tentam impedir os planos diabólicos de um terrível mago conhecido por Shinigami Eligor. O arco se encerra com o sucesso da missão, e a luta de Natsu e Erza encontra-se próxima.
Delyora- O início é a luta de Natsu e Erza, que é interrompida quase que no mesmo instante em que começa, porque fiscai do Conselho aparecem com uma ordem de prisão de Erza. Natsu tenta tirá-la da prisão sem sucesso, mas ela acaba por ser liberada. Então os personagens Luxus, neto do mestre da guilda Fairy Tail Makarov, e Mistgun, mais misterioso e considerado o melhor membro, finalmente aparecem, despertando em Natsu a ambição de realizar missões maiores. Ele, Happy e Lucy fogem da guilda com uma missão de dificuldade máxima, sem a devida autorização. Gray é mandado para impedi-los, mas acaba querendo realizar a missão também. Então cabe a Erza impedi-los. A missão trata-se de destruir a lua, pois ela amaldiçoava as pessoas que viviam na Ilha Garuna. O grupo tenta achar outras maneiras de libertar o cidadãos da maldição, e acabam se encontrando com Leon, o ex-colega de Gray, e o temido Delyora. O passado de Gray é revelado com detalhes nesse arco. O arco se encerra com a auxiliar de Siegrain, um homem perverso do conselho, pegando informações sobre nossos heróis.
Phanton Lord- Começa com o fim da missão na Ilha Garuna, porque quando o grupo retorna à guilda, depara-se com ela totalmente destruída. Uma guilda rival, a guilda Phanton Lord, havia feito isso. Então a guilda Fairy Tail prepara um plano de vingança, e tenta recuperar sua honra. Nesse arco, conhecemos o passado de Elfman e o passado de Lucy, e são introduzidos os personagens Gazille (Dragon Slayer do Ferro, não demora a virar mais um rival de Natsu) e Jubia.O arco se encerra com a derrota da guilda Phanton Lord, e com a revolta de Lucy para com o seu pai.
Aetherion- Se inicia com pequenas aventuras e desandamentos sem muita importância, mas depois descobrimos o passado de Loke, que na verdade era um espírito estelar. Ao ser salvo por Lucy, ele oferece aos cinco heróis hospedagem grátis em um hotel, para que se divertissem com cassinos e jogatina. Não demora a se envolveram em um grande problema, pois os ex-companheiros de Erza estão por lá, querendo trazer de volta o terrível Zeref usando uma magia chamada Sistema R. Na verdade tudo é culpa do terrível vilão Gerard, que iludiu os ex-conpanheiros de erza. O problema é que Gerard também era secretamente o maldoso Sieg, e assim, sieg convenceu o Conselho ERA à usar uma magia muito poderos chamada Aetherion (que ajudaria em seus planos para reviver Zeref) além de ser revelado o passado de Erza e de Gerard em si. O arco se encerra com o perdão e o adeus do ex-companheiros de Erza.
Luxus- Considerado pelos fãs o melhor arco. Começa com a entrada de Gazille e Jubia para Fairy Tail, o que desperta raiva entre os membros, principalmente Luxus, que arma um plano durante um festival chamado 'Fantasia'. Trata-se de um jogo para fazer os membros da guilda lutarem entre si. O que restasse enfrentaria Luxus, e o vencedor seria o novo mestre da guilda (de acordo com as regras do jogo). Conhecemos o passado de Mirajane e de Luxus em si, além de contemplarmos as mais empolgantes lutas do mangá: Luxus VS Mistgun e Luxus VS Natsu e Gazille. O arco acaba com o banimento de Luxus da guilda.
Oracion Seis- Inicia-se com o relacionamento de Lucy e seu pai se tornando mais harmonioso, mas o que o arco foca é o confronto das quatro melhores guildas do Reino de Fiore(Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale e Cait Shelter) contra a organização mestre das Guildas Criminosas, conhecidas como Orácion Seis, que como o nome sugere só tem 6 membros, embora esses sejam muito poderosos. São eles Midnight, Cobra, Hoteye, Angel, Racer e Brain; que tinham como objetivo acordar uma magia ancestral poderosissima, chamada Nirvana (que havia sido selada a muito tempo atras pelos fundadores da guilda Cait Shelter). É, tambem, descoberta uma nova dragon slayer, Wendy, a dragon slayer do céu, que possui uma habilidade única de cura. Retorna o vilão Gérard, mas dessa vez do lado dos nossos heróis, pois não possuía mais nenhuma memória. O arco termina com Gérard sendo preso, e com a entrada de Wendy para Fairy Tail.
Edoras- Novo arco que acaba de começar no mangá. Gildarts, o mago mais poderoso da guilda, retorna, e convida Natsu para ir à sua casa, e revela sobre um poderosíssimo Dragão Negro, que arrancou seu braço e a sua perna esquerda. Natsu então se vê determinado a encontrar o Dragão Negro, para conseguir informações sobre Igneel. Depois, Mistgun surge para conversar com Wendy, e avisa que a cidade Magnolia seria devorada por uma magia chamada Anima. Quando isso acontece, apenas Wendy e Natsu ficaram para trás (Charlie e Happy tambem). Assim, eles resolvem entrar em Edoras (já que o portal de "Anima" ainda estava aberto). Guiados por Charlie (que juntamente com Happy nasceu no mundo de Edoras) e acompanhados por Lucy (que foi salva do "Anima" pelo horológium) eles, vão enfrentar os capitães das divisões de guerra (SugarBoy, Hughes, Erza KnightWalker e Phanterlily) para chegar até o rei de Edoras (Faust) e descobrir como trazer a guilda e seus menbros de volta. Também são apresentados os pais de Happy, que, ao contrario dos outros de sua espécie, não veem os
